• CLC Genomics Workbench

CLC Genomics Workbench

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CLC Genomics Workbench是一款生物信息学综合分析工具,可用于基因组学、转录组学和表观基因组学的数据分析。 本软件的操作界面友好直观,支持Mac OS X,Windows和Linux平台。并且涵盖了Main Workbench的所有功能,此外,还集成了workflow功能。

    CLC Genomics Workbench 是一个综合性的生物信息数据分析软件,可分析和显示所有主流测序仪产生的测序数据,如一代的 Sanger 测序数据,二代的 SOLID、454 以及  Illumina 和 Ion Torrent 的数据,三代 PacBio 的数据,也支持其他分析平台的输出数据,如 SAM/BAM 等序列比对数据,GTF/GFF/GVF 等序列注释数据,以及自己编写的表格格式数据。CLC Genomics Workbench 桌面版支持在Mac OS X,Windows 和 Linux 平台运行,运行系统由您选择!如果您对软件感兴趣,欢迎您申请试用


CLC Genomics Workbench 基础版

  • 支持对Illumina、PacBio、Sanger、Ion Torrent等测序平台原始数据(Raw data)的质量控制(QC)、序列修剪(Trim)和多样本数据的序列分选(Demultiplex reads)

  • 可将测序Reads Map到参考序列上,以及mapping结果矫正;生成mapping报告;合并不同的mapping结果;提取一致序列;去除PCR duplication

  • 重测序数据分析:靶标区域reads统计;检测已知变异;插入和结构变异检出;覆盖度分析;三种变异(SNV、MNV、Small Indel/Deletion、Replacement)检出方法,支持低频变异的检出;变异注释和过滤(去除边缘变异等);样本变异比较分析(家系分析、Fisher精确检验等);变异功能分析(GO富集分析、氨基酸变化、保守性打分、剪切位点效应、关联到蛋白3D结构)

  • RNA-Seq数据分析:RNA-Seq分析(可计算基因和转录本的表达值,表达值可以是Total Counts、Unique Counts、TPM和RPKM);生成多个RNA-Seq分析的联合报告;RNA-Seq样本的PCA(2D/3D)质控;差异分析;热图(Heatmap);表达浏览器(Expression Browser);韦恩图(Venn Diagram);基因集合分析(超几何测试差异表达基因的GO注释)

  • 从头拼接:从头拼接得到Contig;将测序reads map到Contig上,可对Contig进行更新和表达值赋予

  • MicroRNA芯片数据和小RNA分析:设定实验分组;samll RNA分析;数据转化和标准化;样本质控QC(箱式图、层次聚类和PCA);功能聚类(功能层次聚类和K-mean/medoids聚类);统计分析(EDGE、基于总体的分析和高斯统计分析);注释分析(超几何分析和基因集合富集分析GSEA);可视化图表(MA plot、Scatter Plot和Histograms)

  • Workflow可以实现完整工作流的一键式分析,与 Batch 批量分析功能相结合,实现从原始数据到图表式分析报告的批量化一键式分析,极大提升数据分析效率。

  • 分子生物学工具:序列分析(序列修剪、序列组装等);引物和探针设计;分子克隆和限制性酶切位点

  • 传统序列分析:序列比对和进化树构建;常见序列分析工具(序列提取等);核酸分析工具;蛋白分析工具;RNA结构(预测二级结构等)

  • 数据库下载:可通过内置的下载工具下载参考基因组序列、SRA数据、NCBI序列、PDB结构等。


相关插件

  • Additional Alignments  – 免费

    包含三种不同的序列比对方法:ClustalW、ClustalO和Muscle。

  • Advanced Peak Shape Tools (Beta) – 免费

    高级峰形操作工具,寻找测序数据中有显著差异的峰形区域。可用于ChIP-seq分析结果的再加工和基于峰形的运算。

  • Annotate with GFF File - 免费

    为未注释的序列添加注释信息,支持的注释文件格式有GFF3、GTF和GVF。

  • Batch Rename – 免费

    对序列和其它各种数据进行重命名,方式有加入文本到名字中、替换已有的文本和列举数据(加入编号)。

  • Bisulfite Sequencing – 免费

    胞嘧啶甲基化研究很可能是基因表达表观调控中研究最为清晰的一个。本插件用于胞嘧啶甲基化数据分析。

  • Blast2GO PRO Plugin收费,可试用

    用于功能基因组学数据分析。Blast2GO PRO Plugin允许大家熟知的Blast2GO功能直接在Workbench中运行,为novel序列的功能分析提供专业解决方案。主要功能:可使用高效率的CloudBlast用于NCBI Blast+;对Blast结果进行Gene Ontology Mapping;功能注释;搜索InterProScan Domain;功能富集分析;Orthologous Groups聚类;Subcellular localization withPSORTb;基于Rfam鉴定ncRNA;统计学图表;多重数据导入和导出选项。 

  • Bookmark Navigator - 免费

    对您的数据进行书签标记,允许快速定位到常用数据。

  • CLC Genome Finishing Module 收费,可试用

    较短的测序reads和重复性的基因组区域往往导致碎片化的拼接结果,此插件则是为了提升拼接效果,将contigs转变为更高质量的拼接产物。适用于小型基因组,如微生物或者真核生物的寄生虫。本插件提供一些列自动化或者手动化的拼接工具。

  • CLC Microbial Genomics Module – 收费,可试用

    用于微生物基因组和宏基因组分析。功能:微生物分析;病原体分型和暴发分析。

  • CLC MLST Module - 收费,可试用

    用于细菌和酵母等的一代测序数据多位点序列分型(Multilocus Sequence Typing,MLST)。优势:易操作、界面友好、省时、支持迭代分析、下载schemes方便并支持自定义的schemes。

  • CLC Workbench Client plugin - 免费

    将桌面版的Workbench连接到server上。

  • CosmosID Plugin - 收费

    高准确度的微生物组分析,可鉴定微生物和抗菌剂的抗性因子,并且支持对12个样本免费分析。

  • External Applications Client Plugin - 免费

    此插件可允许通过CLC Genomics Workbench/Biomedical Genomics Workbench调用CLC Genomics Server/Biomedical Genomics Server上的分析工具。

  • Histone ChIP-Seq - 免费

    组蛋白乙酰化是一个重要的表观遗传适应,与染色体解凝聚和上下调的基因表达有关。Histone ChIP-Seq plugin可用于检测基因或其它基因组区域的组蛋白乙酰化。

  • Ingenuity Pathway Analysis plugin - 免费

    允许您直接从Workbench中将基因和表达数据上传到Ingenuity Pathway Analysis(IPA)中,用于下游生物学解释。前提是您已拥有IPA账号。

  • Ingenuity Variant Analysis plugin - 免费

    通过Ingenuity Variant Analysis(IVA),您可以快速找到致病突变。前提是您已拥有IVA账号,通过与Workbench的结合,您可运行已被优化的工作流程找寻遗传病的驱动变异。

  • MetaGeneMark – 收费,可试用

    挖掘微生物基因组和宏基因组组装产物上的基因。

  • PPfold – 免费

    一种流行的RNA二级结构预测工具。

  • Recent Items Navigator – 免费

    查阅最新打开过的文件。


与其他软件相比,CLC Genomics Workbench 的优势主要表现在:

  • 图形化用户界面,安装和操作简单,类似 Office 软件的使用,无需命令行和编程技能,结果可以直观查看,并支持多种格式的输出,其图表结果可以直接用来发表文章。

  • 支持包括Mac、Windows 和 Linux 在内的多种操作系统平台,支持目前主流的所有测序平台数据和来自第三方软件的中间结果数据的导入分析和混合平台数据的分析。

  • 自整合和开发的专有算法,较其他软件在分析速度和质量上都有明显优势。

  • 软件自身整合了所有必要的功能,无需像其他软件间繁琐的上下游数据的格式转换,Workflow 功能更能轻松自定义工作流,加上 Batch 批量分析,快速高效分析海量测序数据。

  • 除了计算能力,CLC Genomics Workbench 提供了灵活的工作队列系统,轻松整合其他应用程序和共享数据以及一系列的其他功能,确保你的高通量序列分析在快速、安全、和灵活的IT环境下运行。

  • 使用说明文档和样本数据分析教程内容详尽,官网有每个功能组件的视频教程,上手容易。

  • 软件的支持和维护服务周到,软件的开发维护团队强大,改进和升级速度快。

    目前国内有众多客户在使用此分析平台。他们感觉 CLC Genomics Workbench 操作简单,无需编程,结果直观并且图表可以直接发表,数据处理速度快,对硬件要求也不高,升级提醒和技术支持及时,节省了人力和时间成本,极大地提高了科研效率。


系统要求

  • Mac OS X 10.6 或者更高版本;Intel 处理器;在64位 Intel 系统中支持Mac OS X 10.5.8

  • Win XP/Vista/Win7;Windows Server 2003/2008

  • Linux:  RedHat5 或更高版本;SuSE10 或更高版本

  • 64位计算机或操作系统,建议内存不低于2GB

  • Intel 或 AMD 的中央处理器

  • 小的数据集要求 2-4GB 

  • 大的数据集要求16-32GB 

  • 1024×768 的分辨率


CLC Genomics Workbench QQ 学习交流群:175136595  


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