• Biomedical Genomics Workbench

Biomedical Genomics Workbench

Version 5.0.1
售前试用
Biomedical Genomics Workbench是一款生物医学基因组学工作平台,可为您提供完整的全基因组、外显子组、靶向扩增、转录组以及表观遗传学等的二代测序数据分析服务。该平台操作界面友好直观,简单易学,并且还集成了Workflow功能。

    生物医学基因组学工作平台(Biomedical Genomics Workbench)专注于人和大小鼠的基因组学数据分析,可为您的研究提供新视野,其灵敏度高达95%,并且准确度极高,可为您提供完整的全基因组、外显子组、靶向扩增、转录组以及表观遗传学等的二代测序数据分析服务。如果您对该软件感兴趣,欢迎您申请试用


功能介绍

  • 探索新型生物标志物,提供可定制化的全面分析工作流;

  • 特色功能,如去除靶向扩增测序数据中的引物和引物二聚体序列;

  • 可从DNA-Seq 和 RNA-Seq 测序数据中进行高灵敏度的生殖细胞系检测和低频变异检出;

  • 高精准度的拷贝数变异检出;

  • 分析结果的可视化展示,如动态的蛋白质3D结构,和更快的测序数据分析速度。


相关插件

收费插件:

  • CLC Genome Finishing Module  收费,可试用

    较短的测序reads和重复性的基因组区域往往导致碎片化的拼接结果,此插件则是为了提升拼接效果,将contigs转变为更高质量的拼接产物。适用于小型基因组,如微生物或者真核生物的寄生虫。本插件提供一些列自动化或者手动化的拼接工具。

  • CLC Microbial Genomics Module – 收费,可试用

    用于微生物基因组和宏基因组分析。功能:微生物分析;病原体分型和暴发分析。

  • CosmosID Plugin - 收费

    高准确度的微生物组分析,可鉴定微生物和抗菌剂的抗性因子,并且支持对12个样本免费分析。

  • MetaGeneMark – 收费,可试用

    挖掘微生物基因组和宏基因组组装产物上的基因。

免费插件:

  • Advanced Peak Shape Tools (Beta) – 免费

    高级峰形操作工具,寻找测序数据中有显著差异的峰形区域。可用于ChIP-seq分析结果的再加工和基于峰形的运算。

  • Batch Rename – 免费

    对序列和其它各种数据进行重命名,方式有加入文本到名字中、替换已有的文本和列举数据(加入编号)。

  • Bisulfite Sequencing – 免费

    胞嘧啶甲基化研究很可能是基因表达表观调控中研究最为清晰的一个。本插件用于胞嘧啶甲基化数据分析。

  • CLC Workbench Client plugin - 免费

    将桌面版的Workbench连接到server上。

  • External Applications Client Plugin - 免费

    此插件可允许通过CLC Genomics Workbench/Biomedical Genomics Workbench调用CLC Genomics Server/Biomedical Genomics Server上的分析工具。

  • Histone ChIP-Seq - 免费

    组蛋白乙酰化是一个重要的表观遗传适应,与染色体解凝聚和上下调的基因表达有关。Histone ChIP-Seq plugin可用于检测基因或其它基因组区域的组蛋白乙酰化。

  • Ingenuity Pathway Analysis plugin - 免费

    允许您直接从Workbench中将基因和表达数据上传到Ingenuity Pathway Analysis(IPA)中,用于下游生物学解释。前提是您已拥有IPA账号。

  • Ingenuity Variant Analysis plugin - 免费

    通过Ingenuity Variant Analysis(IVA),您可以快速找到致病突变。前提是您已拥有IVA账号,通过与Workbench的结合,您可运行已被优化的工作流程找寻遗传病的驱动变异。

  • PPfold – 免费

    一种流行的RNA二级结构预测工具。

  • GeneRead DNA Panel Analysis Plugin – 免费

    用于分析GeneRead DNAseq Panels V2数据。

  • QIAseq Targeted Panel Analysis – 免费

    支持对QIAseq panels、其它厂商的panels以及自定义的panels的数据分析,检测体细胞变异和胚系变异,变异类型包括SNVs、MNVs、InDels、Gene FusionsCNV

  • Recent Items Navigator – 免费

    查阅最新打开过的文件。


硬件及系统要求

  • Windows Vista、Windows 7、Windows 8、Windows 10、Windows Server 2008Windows Server 2012

  • Mac OS X 10.7 及以上版本;

  • Linux: Red Hat 5.0 及以上版本;SUSE 10.2 及以上版本;Fedora 6 及以上版本;

  • RAM要求 16GB,建议 24GB;

  • 显示器分辨率要求1024*768,建议 1600*1200;

  • CPU 为 Intel 或者 AMD;

  • 软件安装所在硬盘至少有 90GB自由空间(如果使用 hg19 或 hg38数据)


CLC 软件的 QQ 学习交流群:175136595  


相关图片

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