​微生物组学研究及数据分析 专题培训班

邀请函

微生物组学研究及数据分析  专题培训班

时间地点:      2018年5月7日——2018年5月11日   北京

(时间安排:第1天报到,授课4天)

近年来,微生物组学在医疗、环保、资源开发等领域都发挥着举足轻重的作用,已成为当今世界科研最热门的研究内容之一。北京路思达生物信息科技有限公司携手中科院基因组所的专家团队,为您提供最前沿、最实用的《微生物组学研究及数据分析》专题课程。为您的微生物组学研究,如样品制备、实验设计、数据分析、结果展示等,提供系统的解决方案。专业一流的授课团队将与您一起探讨科研奥秘、挖掘科学价值,为您拓宽科研思路、解决实验困扰。

欢迎您报名参加!


主  讲  人:胡松年   博导,中科院基因组科学与信息重点实验室主任

主办单位:北京路思达生物信息科技有限公司

培训地点:北京海淀区上地农大南路33号中电华软大厦二层会议室

培训时间: 2018年5月7日-11日(报名中)  上午:9:00-12:00  下午:14:00- 17:00


培训内容:

5月7日

报到

第一天

5月8日

1. 微生物组学研究趋势与方法(理论)

2. 序列组装和功能分析 - DNA水平(理论)

3. 微生物基因组和转录组学研究(理论)

4. Linux基本操作实践(上机)

第二天

5月9日

1. 细菌基因组常规分析流程(上机)

2. Python编程语言介绍(上机)

第三天

5月10日

1. 微生物宏基因组学介绍(理论)

2. 宏基因组学的实践应用(上机)

第四天

5月11日

1. 微生物宏转录组学介绍(理论)

2. perl语言在微生物基因组分析中的应用(上机)


报名费用  

4800元/人,包含听课费、资料费、上机费和午餐。

食宿和交通费用自理;电脑自备(系统为Win7或Win10,内存4G及以上)。

报名优惠政策】 

2人团报,九点五折; 3人及以上团报,九折;3人及以上老客户团报,八点五折。

4月30日以前报名并付款的学员,可赠送优惠券一张(价值300元,可抵下期培训班费用)。

付费方式】 

支        持:现金、支票、银行转账、银行汇款

单位全称:北京路思达生物信息科技有限公司      

账        号:321230100100073558

开户银行:兴业银行海淀支行

汇款请备注:“微生物培训班–您的姓名 – 单位名称”

报名成功以收到培训费为准,因个人原因无法参加,恕不退款。

报名截止日期

报名截止于5月3日,我们会在5月4日发送确认邮件,未收到邮件的老师请致电咨询。

联系方式】 

联系人:任老师                          

电  话:010 - 82696760

邮  箱:renky@lucidusbio.com                   

Q  Q:2885426541


课程安排

201857- 2018511 北京

57日报到,58-511日授课)

58

上午

(理论)

1.微生物组学研究趋势与方法

1.1 单菌不同水平(如DNARNA、蛋白等)的研究趋势和方法

1.2 如何利用这些组学研究成果

2.序列组装和功能分析——DNA水平

2.1 如何利用和比较不同测序平台数据在序列组装上的优缺点

2.2 如何利用Sanger测序的结果进行PCR补洞

2.3 基于组装好的序列进行组分(基因、功能元件、非编码RNA等)和功能分析

2.4 微生物分析内容和方法

2.5讨论如何联合DNARNA分析结果形成真正的trans研究

3.微生物基因组与转录组学研究

3.1 微生物基因组研究的意义、概况和特点                             

3.2 微生物转录组学研究概况

58

下午

(上机)

Linux系统操作简介

1. Linux简史

2. Linux与生物信息学            

3. Linux基本命令

4. Linux基本操作综合实践

59

上午

(上机)

细菌基因组常规分析流程

1. 原始数据评估

2. 基因组拼接、注释

3. 功能注释

4. 进化树分析

5. 多菌株泛基因组分析

59

下午

(上机)

Python编程语言简介

1. Python安装

2. Python基本语法

3. Python文件读取、文件输出

4. Python在生物信息中的实践

510

上午

(理论)

微生物宏基因组

1. 16S rDNA AMPLICON SEQUENCING

1.1 测序平台、引物设计及区域选择(针对细菌、真菌不同微生物进行实验设计)

1.2 测序量及采样建议(针对水体、粪便、土壤、物体表面、口腔等不同生境)

1.3 分析流程图(数据收集、数据预处理、数据分析)

1.4 结果解析:OTU聚类、序列比对、构建进化树、物种注释、物种分布情况、样品复杂度分析(α多样性)、CoverageChao指数、ACE指数、Shannon曲线、Richness rarefaction曲线、多样品比较分析(β多样性)、样品间物种丰度热图、排序分析、PCA分析、PCoA分析、NMDS分析、Unifrac分析、样品聚类分析

2. DSS direct shotgun sequencing)法

2.1 分析流程(序列质量控制——fastqc、序列拼接、基因预测及丰度分析、物种注释、功能注释)

2.2 功能注释分析

2.3 代谢途径解析

3. MetaSPAdesMEGANmetAMOS等软件介绍

510

下午

(上机)

宏基因组学实践应用:针对16S rDNA amplicon sequencing分析

1. 虚拟机安装:Virtual Box

2. 16S分析运行环境搭建:QIIME Virtual Machine

3. 实例演示及结果展示:数据预处理、OTU聚类、物种注释、OTU Table生成、α      多样性序列比对、构建进化树、β多样性

宏基因组学实践应用:针对shotgun sequencing分析(只做流程演示讲解)

1. 序列质量控制——fastqc

2. 序列拼接

3. 基因预测及丰度分析

4. 物种注释、功能注释

511日上午

(理论)

宏转录组学

1. 宏转录组介绍

2. 物种组成、功能及代谢途径分析

511日下午

(上机)

perl语言在微生物基因组分析中的应用

1. perl入门

1.1 perl语言简介

1.2 基本操作

1.3 控制结构

1.4 模式匹配

2. perl语言操作综合实践

2.1 基因组拼接质量评估

2.2 测序深度和覆盖度计算

2.3 scaffold序列处理等

       实际授课顺序可能会有调整。

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